上海尊龙凯时药业建立了自主研发与产学研医并重的科技创新体系，与海军军医大学、清华大学、复旦大学、上海中医药大学、上海食品药品检验所、中国中医科学院、中国医学科学院药用植物研究所、中国科学院上海药物研究所、香港科技大学、香港大学、英国剑桥大学、美国耶鲁大学等高校、科研单位建立了长期稳定的合作关系。在公司内部则建立了研发、生产、质量联合攻关机制。

近年来，公司围绕现有产品二次开发、新产品开发、中药材基地关键技术研究与建设开展工作，共承担政府科技计划项目46项，其中，国家项目9项、省级项目37项，自立及生产、质量技术协作项目200余项。

2020年3月5日，上海尊龙凯时药业与上海中医药大学附属龙华医院合作开发的中药6类新药参芪麝蓉丸获国家药品监督管理局（NMPA）批准的临床试验许可，临床拟用于治疗轻、中度脊髓型颈椎病（中医辨证属于气虚血瘀肾亏证）。

颈椎病可分为颈型、神经根型、脊髓型、其他型（椎动脉型、交感型）。脊髓型颈椎病（Cervical spondylotic myelopathy，CSM）是指由颈椎小关节及椎间盘退变为基本病理基础，继发形成椎体缘骨赘，并以此压迫脊髓或支配脊髓的血管，使该节段椎管管腔狭窄并导致脊髓的慢性压迫或（和）脊髓血供障碍并引起与之相关的脊髓功能障碍颈椎病，其占所有颈椎病的10%-15%。

2020年12月29日，上海尊龙凯时药业与上海中医药大学附属龙华医院合作开发的中药1类新药健腰密骨片获国家药品监督管理局（NMPA）批准的临床试验许可，临床拟用于治疗肾虚血瘀型老年性骨质疏松症之腰痛。

骨质疏松症（Osteoporosis，OP）是老年常见病，以骨量减少，骨组织微细结构破坏导致骨脆性增加和骨折危险性增加为特征的一种系统性、全身性骨骼疾病，其临床症状多为骨骼疼痛和骨折。疼痛是骨质疏松患者就诊的最主要原因，其中以慢性腰部疼痛为骨质疏松症最主要的临床表现之一。老年骨质疏松性腰痛是50岁以上老年人群最常见的腰部疾患，在老年人群中的发病率约为25.2％。因此，开发治疗由骨质疏松引发的腰痛的药物需求尤为迫切，具有重要的开发价值和临床意义。

2021年10月11日和10月18日，上海尊龙凯时药业有限公司开发的用于治疗急性缺血性脑卒中的SHPL-49注射液分别获得NMPA（中国国家药品监督管理局）和FDA（美国食品药品监督管理局）的临床试验许可。该药物对急性缺血性脑卒中具有神经保护作用，是具有完全自主知识产权的全新结构化合物，也是上海尊龙凯时药业心脑血管药物研发管线首个化药1类新药。